Cha Allys can đảm bắt tay vào việc để dựng lại những đổ nát chất đống do cuộc bách hại. Ngài đã làm việc rất tốt đến nỗi vào năm 1910, khi ngài rời nhiệm sở này, giáo xứ Phủ Cam có gần 2.400 giáo dân sống đạo và cả giáo hạt có hơn 11.000 người .

Các cuộc trở lại này được thực hiện nhất là trong tầng lớp nghèo khổ. Cha Allys thích nói: “Lời Chúa “pauperes evangelizantur” (rao giảng Tin Mừng cho người nghèo) được minh chứng mỗi ngày” .
Nhưng không phải chỉ có những ngưởi nghèo mới trở lại, cũng có những cuộc trở lại trong hàng ngũ cao hơn của xã hội Việt Nam, và ngay cả trong những phần tử của hoàng gia. Một người cháu gái của vua Minh Mạng là người đầu tiên đến xin trở lại đạo.
Bao lâu chỉ có công chúa công giáo này thôi, thì người ta không ái ngại gì nơi chốn quan quyền. Nhưng khi Triều đình biết được cuộc trở lại đạo của 2 hoàng tử khác, bà con cô cậu với công chúa này, Triều đình nghĩ rằng đó là một nguy cơ lớn cho Đất Nước. Hai người mới trở lại này bị bắt như những kẻ âm mưu nổi loạn và bị kết án tử hình.
Cha Allys can thiệp bên cạnh Toàn Quyền Đông Dương de Lanessan, và nhờ sự can thiệp này, bản án tử hình được đổi thành lưu đày suốt đời trong tỉnh Quảng Nam, rồi sau ít thời gian, hai vị hoàng tử đã được gia ân cho về.
Mặc dầu có những cuộc bách hại và ngay cả lúc các cuộc bách hại khủng khiếp đó đang xảy ra, một nhà sư (bonze) tên Thuyền, cũng là cháu của Minh Mạng, đã học thấu đáo đạo công giáo và xin trở lại.
Ông đã được Đức Cha Caspar rửa tội long trọng với cả gia đình sau khi học giáo lý tại Phủ Cam.

Hiện nay dòng dõi ông có nhiều và một chi tiết đáng được nêu lên, một trong những người con của ông là Ưng Trạo, đã kết hôn với một người chắt của Chân Phước Phaolô Bường. Gia đình có 15 người con (sau là 16): một người là đệ tử dòng Phanxicô Thanh Hoá (anh Sao, sau về lập gia đình, rồi vợ mất và nay đang tu một dòng ở Pháp), hai ái nữ đi tu, một ở dòng Cát Minh Huế (chị Uyên, sau ra lập gia đình), và một tại dòng Con Đức Mẹ Vô Nhiễm (chị Luyến)
(Người dịch bổ túc: hai người làm linh mục giáo phận Huế ( cha J.B.Bữu Đồng và cha Rap.Bữu Hiệp), một ái nữ nhập dòng Mến Thánh Giá Di Loan (chị Khương), một ái nữ khác đi tu dòng Mến Thánh Giá Cải Cách Kim Đôi, nay là Con Đức Mẹ Đi Viếng (chị Tuyệt Diệu). Ngoài ra nhiều người con khác cũng đi tu các dòng một thời gian, sau ra lập gia đình hoặc sống độc thân: dòng Phước Sơn (anh Thiều), dòng Kín Hà Nội (chị Duân), dòng Nữ tữ Bác Ái Sài Gòn (chị Như) ).
Từ ngày ông Thuyền và cả gia đình trở lại Công giáo, các ông hoàng bà chúa cũng trở lại nhiều và không bị gây khó dễ nữa. Sự lôi cuốn về với đạo bắt đầu trong giáo hạt Bên Thuỷ nhanh chóng phát triển trong cả Miền Truyền Giáo.
Nhưng khổ thay phong trào này bị một số nhân vật có thế giá kìm hãm lại, vì họ sợ thấy lương dân bị chìm ngập giữa những người có đạo và sợ mất ảnh hưởng làm cho Miền Truyền Giáo được lợi.
Những năm 1898, 1899, 1900 thật đáng buồn. Trong thời kỳ này những người mới theo đạo là nạn nhân không được xét xử tỏ tường. Một số quá lớn, còn yếu đức tin, miễn cưỡng nghĩ rằng mình bị buộc phải chối đạo.
Chính lúc đó cha Allys, tất cả các thừa sai và vị Giám mục đi đầu, thực hiện vô số can thiệp bên cạnh các cấp chính quyền để bênh vực những Kitô hữu nạn nhân của một cuộc bách hại quỷ quyệt, nhưng không phải các vị luôn thành công như lòng mong ước.
Tuy nhiên, chắc chắn rằng nếu nhiều giáo xứ, nhất là ở Thừa Thiên, đã không hoàn toàn bị tiêu diệt trong cơn biến loạn và nếu các người mới theo đạo biểu tỏ một sự cương nghị tuyệt vời trước mặt các quan toà, đó là nhờ vị lãnh đạo giáo hạt Bên Thuỷ đã biết cho họ những lời khuyên thích hợp trong những hoàn cảnh nặng nề và can thiệp theo bổn phận để bênh vực những kitô hữu đáng thương đó.
Bình yên trở lại, cha Allys không bao giờ chán nản, vẫn chăm lo làm việc cho các lương dân trở lại, đồng thời lo xây dựng tại Phủ Cam một ngôi nhà thờ rộng lớn được Đức Cha Caspar làm phép long trọng vào tháng 8 năm 1902 và 30 năm sau được Đức Cha Chabanon cung hiến.

Chính trong thánh đường này, nay là nhà thờ chính toà của giáo phận Huế, ngày 24 tháng 5 năm 1908 Đức Cha Allys được tấn phong Giám mục do tay Đức cố Giám mục Mossard , Đại Diện Tông Toà Sài Gòn.
Chúng ta đã biết Đức Cha Allys như là linh mục thừa sai thế nào, ngài cũng như thế khi làm Giám mục, nghĩa là một vị tông đồ được xâu xé bởi lòng nhiệt thành thánh thiện lo cho lương dân trở lại và thao thức tìm kiếm những trẻ em bị bỏ rơi hoặc lâm cơn nguy tử.
Qua nhiều cuộc viếng thăm của các linh mục trong giáo phận dến với ngài, ngài không ngừng khích lệ họ thực sự là những vị thừa sai làm cho người ta trở lại đạo, dùng hầu bao của ngài (sa bourse) một cách hết sức quảng đại để giúp họ dạy các tân tòng, hình thành các họ đạo mới, xây dựng các nhà nguyện và những phòng cầu nguyện (oratoires) v.v. Thế nên, trong 33 năm điều khiển giáo phận Huế, ngài vui mừng thấy hơn 37.000 người lớn và trẻ em con cái các tân tòng vào trong Giáo hội Công giáo.
Không cho rằng mình có công trạng gì trong các cuộc trở lại đó, ngài chỉ biết tạ ơn Chúa nhân lành “đã yêu thương Miền Truyền Giáo Huế thật nhiều”. Ngài cám ơn các người cộng sự của ngài, tây cũng như Việt, đã nhiệt tình làm nên bao điều kỳ diệu, những tâm hồn đạo đức và đặc biệt nhất là con cái thánh Têrêxa đã dâng các lời cầu nguyện và hy sinh lôi kéo phúc lành của Chúa xuống trên Giáo phận, còn về phần ngài, ngài cho rằng mình chẳng có gì.

Chính vì yêu mến các linh hồn mà năm 1921 ngài đã thiết lập tại Huế dòng Con Đức Nẹ Vô Nhiễm.

Các nữ tu Việt nam này đã được đào luyện về đời sống thiêng liêng do Đức Cha Chabanon, hồi đó làm Bề trên Đại chủng viện, và về các phương pháp sư phạm do các Chị em dòng thánh Phaolô thành Chartres. Trong suốt triều Giám mục của Đức Cha Allys, họ đã mở được nhiều trường học sơ đẳng và tiểu học, và phụ trách hai cô nhi viện, hơn nữa họ còn coi sóc một bệnh xá và một trạm khám do cha Fasseaux lập nên với sự trợ giúp của Hội Bảo Trợ y tế (Assistance médicale). Mới đây, họ đã đến ở trong một khu vực đông đúc người Việt và người Hoa sinh sống của thành phố Huế và dạy dỗ cho khoảng một trăm thiếu nhi hầu như hoàn toàn lương dân.

Cũng chính vì lý do đó mà Đức Cha Allys lập nên dòng bản xứ các Anh Em Hèn Mọn Thánh Tâm Chúa Giêsu.

Có lẽ ngài đã muốn phó thác việc huấn luyện các người này cho các Anh em dòng Huấn Giáo Kitô (Instruction Chrétienne) ở Ploërmel, rủi thay các Anh em này đã không thể đáp ứng lời mời gọi của vị Giám mục và ngài đã trao trách nhiệm cho cha Cẩn, sau này làm Giám mục Đại Diện Tông Toà Bùi Chu ở Bắc Kỳ, để giúp các giáo giảng viên này. Hiện nay các thầy đang điều hành 4 trường và có thể hy vọng rằng trong một tương lai gần, họ sẽ có thể chăm lo việc dạy giáo lý cho các tân tòng theo ước mong của vị sáng lập.
Thiên Hựu Học Đường ở Huế, trường cấp 2 công giáo đầu tiên ở Đông Dương cũng là công trình của Đức Cha Allys.

Các cha Dòng Chúa Cứu Thế Canadiens-français tỉnh dòng Sainte-Anne de Beaupré đến Đông Dương vào năm 1925 luôn gặp được nơi vị Giám Mục đáng kính này một người Cha rất quí mến và người che chở trung thành.Tuy nhiên, không phải ngài chờ đợi các tu sĩ này đến để thoả mãn giới trẻ Việt Nam ao ước sống đời chiêm niệm.

Sau thời gian dài thử thách Cha “thánh” Denis là người đã được Chúa nhân lành khấng chọn cho một công trình đầy giá trị, cuối cùng ngài đã cho phép Cha Denis đến sống trên những ngọn đồi hoang vu Phước Sơn và thiết lập tại đó Đan viện Xitô đầu tiên ở Đông Dương.

Ngài vẫn luôn là người nâng đỡ họ ngày tốt cũng như ngày xấu, và để bảo đảm sự bền vững bao nhiêu có thể cho đan viện mới khai sinh này, ngài đã không do dự ban cho họ một trong những vị thừa sai tốt nhất, cha Mendiboure, nay là Cha Bernard, Đan viện trưởng. Nhánh xitô này rất phát triển và đã nở hoa trong sa mạc như là bằng chứng tỏ tường đây là điều Chúa muốn.
(còn tiếp)
Lm. Stanislaô Nguyễn Đức Vệ